A két klasszikus DOOM epizód után, de közben is rengeteg rajongói pálya készült és készül mind a mai napig. Hivatalos folytatásként azonban csak két megszállott testvér pályáit gereblyézték egybe és küldték harcba FINAL DOOM címen, amelyek mind az eredeti ID csapat és American Mcgee tetszését is elnyerték. De még ezeknek is relatíve koherens és kronológiailag fontos történetük volt. Íme.
TNT Evilution. Az emberiség megszenvedve a Pokoljárást igyekszik elkerülni, hogy újabb csapás érje. A Jupiter egyik holdján, az Io-n hoznak létre egy kutatóállomást és kontrollálják az Odaát nyíló kapukat. Hamarosan képesek lesznek rá, hogy kisebb gerillatámadásokat indítsanak a túloldalra kapukat nyitva a Pokolba és felkészített tengerészgyalogos egységekkel veszik elejét, hogy nagyobb sereget verbuváljanak ellenük.
Az első kísérletek sikerrel zárulnak, ami önbizalomra ad okot a vezetésben és minden erejükkel a megnyíló kapukat ellenőrzik, odavezénylik a bázis védelmére rendelt erőket is óvintézkedésből. Pár hónappal később azonban nem várt helyről érkezik a támadás: az éves ellátó űrhajó korábban érkezik és sokkal nagyobb a radaron, mint kellene. A fogadóbizottságként kiérkező személyzet döbbenten pillantja meg a Pokolból érkezett űrhajó acélból, húsból és csontból korruptálódott testét.
Amikor pedig a hajó kapui kinyílnak esőként árasztják el a bázist a démonok és hamarosan mindenkit le is ölnek vagy átalakítják zombikká. A készülődő tengerészgyalogosok ugyan kitartanak egy darabig, de nem várták, hogy az ellenség a bázison kívülről érkezzen. Hamarosan a bázisban elcsendesülnek a tűzharcok visszhangjai és hörgés, ordítozás veszi át a helyét a csatatérré változott bázison. Úgy tűnik az emberiség újra megfizet elbizakodottságáért.
A holdbázis parancsnoka azonban éppen a felszínen járőrözött egymagában, amikor az esemény történt és visszatérve megpillantja az állomás felett horgonyzó szörnyű járművet. Valami elpattan benne és megesküszik, hogy megbosszulja elesett katonáit azzal, hogy annyi dögöt küld vissza a Pokolba, amennyit csak képes. Sétaútjára nem vitt magával sokkal többet, mint az oldalfegyverét, de ez sem érdekli, amikor átlépi a megváltozott bázis kapuját.
Keresztülvágva magát a megrontott acéllabirintuson a Pokol szinte minden teremtményével szembekerül, de a bázis félkatonai bázis lévén elég fegyver arzenált biztosít neki, hogy csatáról-csatára túléljen és egyre komolyabb eszközöket vegyen magához. Erre szüksége is van, mert a hajóból kiszabadult hordát egy hatalmas démon, Baphomet vezette. A kettejük párharcában a démon a Bűn Ikonjához hasonlatosan újabb és újabb szörnyeket fial a valóságba.
Győzelme azonban nem hoz békét a Jupiter holdjára, csak csendet. Céltalanul kóborol a megrontott bázis falai között, ahol az egykori katonák, személyzet és démonok tetemei oszlanak. Végül úgy dönt, hogy odamegy, ahol mindez még nem történt meg: az egyik utolsó szkafandert magára öltve űrsétára indul, távol a bázistól. Mikor már majdnem teljesen elfogy az oxigénje a Földről érkező szállítóhajó megtalálja és történetét meghallgatva hazaviszi, ugyanakkor tudja, sohasem lesz olyan, mint azelőtt.
The Plutonia Experiment. A Föld az invázió után nem olyan mint régen. De készül a harcra és a Jupiter incidens után érti, hogy a Pokollal szemben nem lehet háborút nyerni. Egy titkos kutatóállomáson kifejlesztenek egy eszközt, a Kvantum Gyorsítót, aminek feladata az, hogy felderítse az esetleges Odaátról nyíló kapukat és örökre lezárja. A fejlesztés jól halad, közeledik az első éles teszt.
A hamvaiból feltámasztott UAC, immáron a túlélők által szponzorálva biztosítja a bázis ellátásához szükséges pénzt és biztonságot jelentő katonai erőt. Azonban ez a szerveződés és készülődés felkelti a Pokol erőinek figyelmét, akik nem késlekednek tenni a szándékaik ellen irányuló tevékenység ellenében. A komplexum szívében kapu nyílik és démonok áradnak ki rajta. Bevetik a Gyorsító berendezést és kapu bezárul, a tengerészgyalogosok kivégzik az átjutott lényeket.
A rákövetkező napon azonban hét kapu nyílik meg szimulták az állomáson Odaátról. Egy órán keresztül dolgozik teljes hatásfokkal a Gyorsító és közben zajlik az öldöklés, mire hat kaput sikeresen bezárnak, de az utolsót nem sikerül és addigra már túl sok szörnyeteg áradt be a bázisra. Az utolsó kaput egy hatalmas démon, a Kapuőr védelmezi minden bezárási kísérlet ellen, aki maga is képes a két dimenziót összekapcsolni.
A bázist annak rendje és módja szerint elfoglalják a szentségtelen hordák, gyilkolnak és átalakítanak mindent és mindenkit, akit csak találnak. Az emberi vezetés aggódik, hogy a Kvantum Gyorsító az ellenség kezére kerülve mire lehet képes, hogyha sikerül megfejteniük a kezelésének módját, illetve felhasználniuk az erejét ezért általános mozgósítást rendelnek el minden katonai erőnek, hogy a titkos bázis visszavételére induljanak.
A Jupiter holdjának egykori parancsnoka éppen a közeli óceán partján küszködik emlékeivel, de paranoiája révén elsők között értesül az átalakított rádióján keresztül az eseményekről. Így még a seregek felállítása lőtt indul a helyszínre, hogy teljesítse esküjét és kioltsa végre apadatlan bosszúszomját. A bázishoz megérkezve felderít, ahogyan egykor kiképzőitől tanulta: a biztonsági kamerák az elmúlt órák szomorú eseményeit visszhangozzák és a Kapuőr tevékenységét mutatják, amint a Kvantum Gyorsító felhasználására készül.
Rájön, hogy a bázis ellen egy nyílt, nagyszámú sereg támadása esélytelen lenne, a pusztító fegyverré átalakított eszköz azonnal elporlasztaná a közeledőket. Így egymaga indul a bázis visszavételére és az utolsó kapu bezárására. Emlékképek kínozzák, ahogy túlságosan ismerős nyomokat és ellenségeket talál a kutatóállomás mélyére haladva. Belső és külső démonokkal hadakozik egyszerre, miközben a Kapuőrt hajszolja a bázison és az alternatív valóságokon keresztül, amelyeket egyrészt önnön képzelete, másrészt a Kapuőr teremt kettejük között.
Végül azonban diadalmaskodik és még azelőtt elpusztítja a Kvantum Gyorsítót, mielőtt a felmentősereg ellen fordíthatnák. A Kapuőr dühében minden megmaradt szörnyet és démont a parancsnokra uszít, miközben a bázist már kívülről támadják az UAC erői. A behatoló erők a legbelső csarnokokban találják meg a halálos párviadalban összefonódott ellenfeleket: a kapitány és a Kapuőr holttestét, aki önfeláloldozásával bezárta az utolsó Pokolba vezető élő-kaput is.